gdcはgccをバックエンドにもつD言語の実装。適切にコンパイルするとdmdの3倍以上速い。 研究室のクラスタマシン上でコンパイルする際いろいろ躓いたので、メモを取っておく。20131008追記 もう公式のドキュメントを見れば大丈夫：http://gdcproject.org/wiki…
複数の日記が1つのtd2ファイルにまとめられているのでそれを分割、そして吹き出し部分を抽出。
広告消せたのか！
統合TVの吹き出しのテキストから、他の統合TVを推薦する機能を追加中。吹き出しテキストの類似度による推薦と、キーワードによる推薦の両方を作るつもり。 tDiaryの日記のソースはtd2ファイルに保存されるので、「togotv.dbcls.jp:/home/togotv/Mozk/」中にt…
卒論発表会後だった! 行きます! partake.in
Haskellから、GCを無くして、デフォで正格にして、Cの構造体と親和性の高いデータ宣言ができるようにした言語が欲しい。この２つの言語が気になる。 https://github.com/stevezhee/pec http://www.rust-lang.org/ rustはHindley-Milnerっぽくないけど、にわ…
吹き出しExtractorのアップデート。 今まではhttp://togotv.dbcls.jp/20111223.htmlのように「ここを押すと動画のスーパーが読めます」のスーパーがリンク無しだったが、アップデート版（http://togotv.dbcls.jp/20120116.html）ではスーパーに再生時間への…
UCSC Genome Browserの使い方〜wig形式のファイルをトラックとして追加する〜 統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネルを完成させた。 ただ、UCSCゲノムブラウザでは巨大なWIGファイルは遅すぎてまともに閲覧できないので、UTGB Toolkit -…
UCSC Genome Browser Homeにwig形式のファイルを表示させる統合TVを作っている。 URLから表示させる方法と、wigファイルをアップロードして表示させる方法がある。wigファイルをアップロードする場合、ファイルの先頭にヘッダーを追加する必要があり面倒であ…
Tsukuba.R #9 Lightning Talk, Incanterの紹介の発表資料です。 この資料はData Sorcery with Clojure & Incanter: Introduction to Datasets & Charts | Data Sorcery with Clojureを参考にしています。
統計解析ソフト「R」での立廻り 統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネルを完成させました. ### mCGrate関数 mCGrate <- function(dat, begin=0, end=48129895, window.size=1000000) { dat.CG <- dat[dat$class == "CG", ] # classがCGの…
実際にクラスタリングしてFigure 1eと同じ樹状図がかけるか確認したところ、だいたい同じになった。 解析するデータの説明を動画に追加。
Rでの立ち回り紹介 (Rで)マイクロアレイデータ解析 http://cse.naro.affrc.go.jp/takezawa/r-tips/r.html の紹介を追加。 実際にクラスタリングの操作は、http://www.nature.com/nature/journal/v471/n7336/full/nature09798.htmlのFig.1 eを元ネタにするこ…
http://www.vector.co.jp/soft/mac/writing/se389554.html?dsからダウンロードし,ことえりに登録,旧・Macの手書き説明書 - FC2 BLOG パスワード認証の手順でGoogle日本語入力にインポートする. タブ区切りファイルに変換できるので,個人使用の範囲内で他にも…
Rでの立ち回り紹介 seekR - 統計分析ソフトウェア R のための検索エンジンを紹介 あとは吹き出し抽出を中途半端に放置してたのを完成させた。 HukidashiExtractorフォルダ内のbatファイルにcamprojファイルをドラッグしてください。
Rでの立ち回り紹介 動画作成中 ??hogehoge ?hoge hoge #関数のソースを表示 example(hoge) を紹介する部分を作成。 次はhttp://www.okada.jp.org/RWiki/・seekR - 統計分析ソフトウェア R のための検索エンジン・(Rで)マイクロアレイデータ解析を紹介する部…
本当はSys.sleepを使いたいのだがforkの中で使うと動かない。 # install.packages("fork") require("fork") sleep <- function(t) { Map(sqrt, 1:(100000 * t)) } Map(wait, Map(function(x) { fork(function() { sleep(x) cat(x) }) }, c(9,3,7,1,2,6,4,5,8…
(vector-of :int)を使えば普通の配列を使った場合の1.35倍、普通のベクタとIntegerを使った場合は7.32倍くらいになる。まぁ全然OKですね。 (defn current-total-memory-usage [] (System/gc) (- (.. Runtime getRuntime totalMemory) (.. Runtime getRuntime…
Gene Pattern インストール Gene Patternの簡易インストーラではWindows7な64bit環境だと動かないようだ。 Tomcat5が使用されていて、これがどうやら64bit環境で動かない。*1別バージョンのTomcatを単に入れ替えても動かなかった。 http://www.broadinstitut…
シンボル比較は何よりも速いと期待していると裏切られる。Clojureではシンボルにメタデータをつけられるので等値なシンボルが等価でない。ただキーワードならちゃんと等価になる。 user> (time (dotimes [_ 1000000] (= 'a 'a))) "Elapsed time: 53.835 msec…
おすすめ http://mitpress.mit.edu/sicp/full-text/book/book.html On Lisp Common Lisp the Language, 2nd Edition Code for Paradigms of Artificial Intelligence Programming (4/24 17:35追記)http://mitpress.mit.edu/catalog/item/default.asp?ttype=2…
Home - Reactome Pathway Database Reactomeはパスウェイのデータベース。 Reactomeを使い倒す〜1・基本編〜 2011 統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネルとReactomeを使い倒す〜2・Reactomeへのマッピング〜 2011 統合TV(togotv)｜生命…
Haskellでの赤黒木の実装の美しさに感動した data Color = R | B data RedBlackSet a = E | T Color (RedBlackSet a) a (RedBlackSet a) balance B (T R (T R a x b) y c) z d = T R (T B a x b) y (T B c z d) balance B (T R a x (T R b y c)) z d = T R (…
GenBank, EMBL, DDBJの三重構造 3つのデータベースの内容は基本的に同じ フォーマット テキスト -> ASN1 -> XMLと変化。内部的には関係性データベース。 National Center for Biotechnology Information http://www.ebi.ac.uk/embl/ Bioinformation and DDBJ…
http://pages.cs.wisc.edu/~dbbook/の読書メモ。
Database Management Systems (Third Edition)を読みたい。 Incanter: Statistical Computing and Graphics Environment for Clojureを試したい。 Qi - Lisp for 21 Centuryを試したい。 Open MPI: Open Source High Performance Computingを勉強したい。
次の統合TVはGalaxy(http://galaxy.psu.edu/・http://main.g2.bx.psu.edu/)を扱うことにした。GalaxyはWeb上で主に生物系のデータ(遺伝子の位置やSNPの位置など)を扱って計算する環境で、プログラミングの知識がなくても簡単に操作でき、またGalaxyを使って…
1日を2^16分割してbinuteとしましょう。 ;;;;今が何bin.か調べるCommon Lispコード。 (format t "~16,'0b~%" (multiple-value-bind (second minute hour) (get-decoded-time) (truncate (* (+ second (* 60 minute) (* 60 60 hour)) 65536/86400)))) もう 11…
IS01を昨日購入した。でかいけどメイン携帯として使っていく。購入した途端こんなことがあってびっくり。SSHで大学の鯖に繋いでみたところ： 3G回線でもサクサクに動き、さらにキーボードが付いているので快適だ。 SSHクライアントはconnectbot。(ただしマー…
昨日のDBCLS - 壊れた計算機で言及したGSEA softwareの使い方 基本編 統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネルの続編である,GSEA softwareの使い方 発展編 統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネルを作り終えた. 今回は…
