UCSC Genome Browser Homeにwig形式のファイルを表示させる統合TVを作っている。 URLから表示させる方法と、wigファイルをアップロードして表示させる方法がある。wigファイルをアップロードする場合、ファイルの先頭にヘッダーを追加する必要があり面倒であ…

Tsukuba.R #9 Lightning Talk, Incanterの紹介の発表資料です。 この資料はData Sorcery with Clojure & Incanter: Introduction to Datasets & Charts | Data Sorcery with Clojureを参考にしています。

統計解析ソフト「R」での立廻り 統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネルを完成させました. ### mCGrate関数 mCGrate <- function(dat, begin=0, end=48129895, window.size=1000000) { dat.CG <- dat[dat$class == "CG", ] # classがCGの…

実際にクラスタリングしてFigure 1eと同じ樹状図がかけるか確認したところ、だいたい同じになった。 解析するデータの説明を動画に追加。

Rでの立ち回り紹介 (Rで)マイクロアレイデータ解析 http://cse.naro.affrc.go.jp/takezawa/r-tips/r.html の紹介を追加。 実際にクラスタリングの操作は、http://www.nature.com/nature/journal/v471/n7336/full/nature09798.htmlのFig.1 eを元ネタにするこ…

http://www.vector.co.jp/soft/mac/writing/se389554.html?dsからダウンロードし,ことえりに登録,旧・Macの手書き説明書 - FC2 BLOG パスワード認証の手順でGoogle日本語入力にインポートする. タブ区切りファイルに変換できるので,個人使用の範囲内で他にも…

Rでの立ち回り紹介 seekR - 統計分析ソフトウェア R のための検索エンジンを紹介 あとは吹き出し抽出を中途半端に放置してたのを完成させた。 HukidashiExtractorフォルダ内のbatファイルにcamprojファイルをドラッグしてください。

Rでの立ち回り紹介 動画作成中 ??hogehoge ?hoge hoge #関数のソースを表示 example(hoge) を紹介する部分を作成。 次はhttp://www.okada.jp.org/RWiki/・seekR - 統計分析ソフトウェア R のための検索エンジン・(Rで)マイクロアレイデータ解析を紹介する部…

本当はSys.sleepを使いたいのだがforkの中で使うと動かない。 # install.packages("fork") require("fork") sleep <- function(t) { Map(sqrt, 1:(100000 * t)) } Map(wait, Map(function(x) { fork(function() { sleep(x) cat(x) }) }, c(9,3,7,1,2,6,4,5,8…

(vector-of :int)を使えば普通の配列を使った場合の1.35倍、普通のベクタとIntegerを使った場合は7.32倍くらいになる。まぁ全然OKですね。 (defn current-total-memory-usage [] (System/gc) (- (.. Runtime getRuntime totalMemory) (.. Runtime getRuntime…

Gene Pattern インストール Gene Patternの簡易インストーラではWindows7な64bit環境だと動かないようだ。 Tomcat5が使用されていて、これがどうやら64bit環境で動かない。*1別バージョンのTomcatを単に入れ替えても動かなかった。 http://www.broadinstitut…

シンボル比較は何よりも速いと期待していると裏切られる。Clojureではシンボルにメタデータをつけられるので等値なシンボルが等価でない。ただキーワードならちゃんと等価になる。 user> (time (dotimes [_ 1000000] (= 'a 'a))) "Elapsed time: 53.835 msec…

おすすめ http://mitpress.mit.edu/sicp/full-text/book/book.html On Lisp Common Lisp the Language, 2nd Edition Code for Paradigms of Artificial Intelligence Programming (4/24 17:35追記)http://mitpress.mit.edu/catalog/item/default.asp?ttype=2…

Home - Reactome Pathway Database Reactomeはパスウェイのデータベース。 Reactomeを使い倒す〜1・基本編〜 2011 統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネルとReactomeを使い倒す〜2・Reactomeへのマッピング〜 2011 統合TV(togotv)｜生命…