昨日のDBCLS

DBCLS

マイクロアレイのデータを解析するツール GSEAの統合TVを作り始めた。

DAVID

まずは似た目的のツール DAVIDの統合TVを見た。統合TVの構成や、強調するべき点、紹介する内容などを参考にしたい。二つのツールの相違点・共通点も念頭に置きながら作業するつもりだ。

NCBI GEO

DAVIDの統合TV内で使ったデータの取得元であるマイクロアレイのデータのデータベースHome - GEO - NCBIを見に行った。
マイクロアレイのデータを取得したあとに、DAVIDやGSEAに与えられるデータ形式にするにはどうすれば良いだろう。

Array Express

GEOはNCBIの提供だったが、http://www.ebi.ac.uk/microarray-as/ae/はEMBL EBIが提供している。どちらもマイクロアレイのデータベース。前に作った統合TVでも扱ったので可能であればこちらを使ってデータを取ってきたい。

GSEA

まずGSEAの利用に必要なユーザ登録をした。
GSEAは、

から利用できるそうだ。（今回紹介するのはGUI）
Java1.6以上が必要なのでJREをインストールした。GSEA GUI版を立ち上げてみていろいろ触ってみた。が、なかなか難しかった。
まずはドキュメントを読むことにした。

相違点

すべてまだ確かめていないので分からないが

  • GSEAは表現型を指定できるので複数の表現型のデータをごちゃまぜにできるが、DAVIDはできない？
  • DAVIDは遺伝子のリストの形でしかデータを与えられない？